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Die Aufgabe es SHD bestand in der Unterhaltung und Bezeichnung der Fahrwasser, die Vermessung und Verpeilung, die Suche und Beseitigung von Wracks, Meereskundliche, Erdmagnetische sowie Hydrographische Forschungsarbeiten und der Seewetterdienst.

Ein weiteres Aufgabenfeld war die Prüfung von nautischen Geräten an Bord. Desweiteren erstellte der SHD für die Seefahrt nautische Bücher , Seekarten, und gab amtliche Mitteilungen heraus.

Der Seehydrografische Dienst der DDR war militärisch strukturiert und in den Marinediensten intergiert !!

Zu den militärischen Aufgaben gehörte die Unterstützung der Seestreitkräfte der DDR. Er beteiligten sich ab 1951 an militärischen Übungen und die leitenden Mitarbeiter erhielten am 1. Dezember 1951 militärische Dienstgrade. Die Flotte des SHD wurde auch bei Manövern der regulären Marinetruppen mit eingesetzt.

Innerhalb der Marinetruppen der DDR bildete der SHD eine eigene Organisation dessen Leiter dem Chef der Volksmarine direkt unterstellt war. Jedoch gab es Besonderheiten - während jedoch das Führungspersonal militärischen Status hatte, arbeiteten in den technischen Bereichen und an Bord der Schiffe vornehmlich zivile Mitarbeiter.

Die Schiffskennungen waren Anfangs noch von Reg.Nr. der Technischen Flotte geprägt und wurden nach der Vergabeordnung im Flottenbereich Küste vergeben. Später wurde dem SHD der taktische Kennbuchstabe "D = Dora" zugewiesen.